Connecting dots via Data

Affymetrics Array로 만들어진 유전형 자료는 rs id가 아닌 SNP id로 생성되어 있다. 대부분의 논문이나 참조 패널이 rs id로 되어 있기 때문에, 분석이나 참고를 위해서는 SNP id를 rs id로 변경하는 것이 좋다. 이를 위해서 Affymetrics 사에서 제공하는 주석 파일을 분석하여 id를 변경하는 과정이 필요하며, 주석 파일에는 버전 정보 및 SNP ID, rs ID, physical position, strand 등의 정보가 있다. 가장 최신 버전은 GenomeWideSNP_5 Annotations, CSV format, Release 35 (151 MB, 4/30/15)이며 SNP 5, 6 모두 다운로드하여 파이썬으로 처리하였다. 어레이에 대한 정보 등이 기술된 윗부분은..